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 ARTICLE VOL 7/1 - 2005  - pp.7-16  - doi:10.1007/s10269-005-0146-8
TITRE
Techniques de recherche des polymorphismes génétiques

TITLE
Techniques for SNP detection

RÉSUMÉ

Le séquençage du génome humain est à l’origine de la découverte de millions de variations de séquence dans le génome humain. Ces variations de séquence d’ADN sont dans leur immense majorité limitées à des polymorphismes de nucléotide unique (Single Nucléotide Polymorphisms ou SNP); cette forme courante de polymorphisme se rencontre environ toutes les 1 000 bases dans le génome humain et 1,8 million de SNP sont actuellement répertoriés. L’accès à ces SNP dans les banques de données publiques a ouvert la possibilité d’étudier l’influence de ces polymorphismes répertoriés sur la prédisposition à certaines maladies génétiques ainsi que sur la réponse aux médicaments. L’identification de ces nombreux SNP tient beaucoup aux progrès des techniques d’analyse de l’ADN et nous décrivons, dans cette revue, différentes méthodes pouvant être utilisées pour l’étude de polymorphismes. Les techniques d’étude des SNP reposent sur deux principes fondamentaux: d’une part la création ou l’élimination par le SNP d’un site de coupure pour une enzyme de restriction donnée, et d’autre part la formation d’un mésappariement due à la présence d’une séquence variante lors d’une hybridation. La technique originelle d’étude des SNP est le Southern blot couplé à une digestion enzymatique permettant d’étudier les polymorphismes de taille de fragments de restriction (RFLP). Ce procédé s’est largement simplifié par l’arrivée de la technique de réaction en chaîne par polymerase (PCR). D’autres approches telles que la chromatographie à haute performance en conditions dénaturantes (dHPLC) ou la PCR en temps réel permettent une discrimination des allèles sauvages et variants. En revanche, le séquençage reste la seule technique permettant de déterminer la nature et la position des SNP connus et inconnus. Enfin, l’apparition des techniques à haut débit permet de prévoir des changements d’échelle considérables dans la recherche des SNP.



ABSTRACT

Sequencing the human genome has allowed the discovery of millions of DNA sequence variants. Sequence variations in human DNA are mainly present as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs); this common form of variation is found about once every 1,000 bases in the human genome and 1.8 million SNPs have now been identified and located. The accessibility of databases of SNPs opens the possibility of studying the influence of these polymorphisms on disease risks as well as on drug responses. Numerous approaches have been set up for the identification of SNPs. In this review we describe the main techniques used for the identification of these polymorphisms. They rely on two major consequences of sequence variations: the apparition or the disappearance of restriction enzyme sites or the alteration of DNA strand hybridization due to the presence of a mismatch. Southern blotting and restriction endonucleases have allowed the development of the technique of restriction fragment length polymorphisms (RFLPs), now performed on PCR products. Several other approaches such as denaturing high-performance liquid chromatography or real-time PCR can detect allele differences upon re-hybridization and heteroduplex formation. However, DNA sequencing remains the obligate step for the positive identification of known or unknown SNPs. At last, the development of high-throughput methods allows a large increase in the rate of discovery of SNPs likely.



AUTEUR(S)
V. LE MORVAN, J.-L. FORMENTO, G. MILANO, J. BONNET, J. ROBERT

MOTS-CLÉS
Polymorphismes d’un nucléotide (SNP), Génotypage, RFLP, Discrimination allèle-spécifique, Séquençage

KEYWORDS
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Genotyping, RFLPs, Allele discrimination, Sequencing

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

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